El FEFOM comenzó su operación desde el ejercicio fiscal 2005, anteriormente se denominaba Programa de Apoyo al Gasto de Inversión de los Municipios (PAGIM), y comenzó con una inversión de 1,600 millones de pesos.
En 2021, la H. Legislatura Estatal aprobó un presupuesto de 2,500 millones de pesos para el FEFOM; mismo que se ha ministrado con base en sus Lineamientos y criterios de aplicación.
Asimismo, se implementó una vertiente denominada Programa Especial FEFOM a la cual se adhirieron 37 ayuntamientos durante los años 2014 y 2016, cuyo objetivo fue sanear las finanzas públicas de los municipios mediante la contratación de financiamientos.